Досвідчені городники радять збирати насінні плоди з нижніх гілок куща болгарського перцю. Але не з будь-яких кущів, а лише з тих, що добре сформовані, з великою кількістю зав’язі, з повністю достиглих плодів. Їх зрізують ножицями і поміщають у тепле місце на дозрівання. Коли стануть м’якими та злегка зморшкуватими, насіння можна вибирати. Для заготування ідеально підходить те, що максимально близько розташоване до плодоніжки. А от прикріплене до внутрішніх перегородок краще взагалі не використовувати.
Отримане насіння занурюють у ємність з водою та розмішують. Те, що спливло, викидають, а яке осіло на дно, кілька днів просушують на сонці, розклавши на папері, а потім складають у паперовий пакет. Не завадить перед просушуванням ще й витримати протягом 15 хв. у розчині марганцівки. Зберігають насіння в полотняному або паперовому мішечку в сухому приміщенні з температурою 10–18 градусів.
Гібриди ознаки батьківської рослини не зберігають, тому збирати з них насіння не можна.